Contents
Доступ к ресурсам за по логину (без постфикса @mcb.nsc.ru) и паролю от почты института
Ресурсы:
Веб интерфейсы:
Galaxy tools инструменты биоинформатика
Веб редакторы для написания и исполнения кода in situ:
Rstudio: R, C++
Jupyter (Python Notebook): R, Python, Perl, Octave(Matlab), Julia, Shell, BeбКонсоль
Инструменты для SSH доступа:
OpenSSH(Linux, CygWin, Win10)
В Windows 10 поставьте openSSH из дополнительных программ и запускайте через Windows Terminal или PowerSell с отключенным захватом CTRL и шрифтом consolas или другим UTF шрифтом.
Jupyter на сервере (см: new->terminal)
RStudio на сервере (см: tools->terminal->new terminal)
Список рассылки:
Сообщения о перезагрузке сервера отправляются на рассылку bioinformatics@lists.mcb.nsc.ru чтобы подписаться отправьте сообщение с темой "SUBSCRIBE bioinformatics" на sympa@lists.mcb.nsc.ru или зайдите сюда
Anaconda:
На сервере установлена анаконда, так что большинство программ вы можете установить локально. В большинстве случаев начало работы с кондой должно начинаться с создания локального окружения (environment)
- Создаем свое окружение (каждый раз когда вызываете эту команду создается новое окружение!):
> conda create -n my_env
В дальнейшем при начале работы просто входим в свое окружение:> conda activate my_env
- После этого можно найти и установить нужную вам программу
> conda search program > conda install program
Также программы можно искать через веб интерфейс. По умолчанию к анаконде уже подключены каналы bioconda и forge.
Shared Anaconda:
Также можно создать общее для группы окружение. Например, где lg - имя группы:
> conda create -p /data/lg/envs/lg_env
Теперь окружение lg_env доступно для всех.
Главное не забывайте ставить префикс для директории, так как данные окружения видны всем.
Jupуter notebook:
Jupyter установленный на сервере поддерживает ядра (kernels) из локальных окружений конды, для чего их естественно нужно установить в это окружение:
> conda activate my_env > conda install ipykernel r-irkernel
И перезапустить Jupyter (Верхняя кнопочка "Control panel").
R Shiny:
<p> <a target="_top" href="https://shiny.rstudio.com/">Сервер пиложений</a> для программ написанных на R </p> <p> Все приложения в директории ~/ShinyApps будут запускаться от вашего имени</p> <p> Например: мой логин fedor. Я в своей директории создал приложение hello:</p> <p> /home/fedor@mcb.nsc.ru/ShinyApps/hello/</p> <p> Теперь оно доступно по ссылке <a target="_top" href="https://cl.mcb.nsc.ru/shiny/fedor/hello/">https://cl.mcb.nsc.ru/shiny/fedor/hello/</a></p> <p> Так же в ShinyApps можно создать index.html который будет отображаться как <a target="_top" href="https://cl.mcb.nsc.ru/shiny/fedor/">стартовая страница</a>.</p>
Docker & Singularity:
Нет вы не можете поставить образ из докера на наш сервер.
Даже если очень хочется.
Нельзя.
Но в принципе можно:
- Первое, что нужно сделать увидев слово docker посмотреть есть ли другие способы это установить, рекомендую ставить через conda.
Второе, если вы точно уверены, что другого способа нет, ищите слово singularity в описании к проекту и читаете здесь как это установить.
Третье, лучше бростье эту затею, почти наверняка эта штука запакована так, что работать не будет. Но, если вам делать нечего singularity может работать с docker.
Пример:
У вас есть https://hub.docker.com/r/urgi/docker_vre_aio который еще и порт 22 создает.
Держим в голове, что вы обычный пользователь и не можете порты короче четырех символов и создаем инстанс по имени vre c маппингом портов
> singularity instance start --fakeroot --net --network-args "portmap=2222:22/tcp" docker://urgi/docker_vre_aio vre
Смотрим, что получилось:
> singularity instance list INSTANCE NAME PID IP IMAGE vre 7074 10.23.0.2 /tmp/rootfs-105523694
Ok у нас есть локальный ip 10.23.0.2 с портом 2222, который доступен на сервере
Если хотите увидеть этот порт на своем компьютере, то сделайте проброс портов с помощью ssh. Как-то так:
> ssh -L 1111:10.23.0.2:2222 fedor@cl.mcb.nsc.ru
Теперь пока сеанс работает у вас на машине есть порт 1111, ну или какой вы там назначили, котоый связан с 10.23.0.2:2222 на сервере
Ещё раз лучше пользуйтесь кондой или родными пакетами singularity и RTFM.
FAQ:
<h4> Как скачать/найти результат работы Galaxy на сервере?</h4>
<p> Щелкнуть на результате, выбрать view details. Тип файла указан в строке Format, адрес в Full Path. </p>
<h4> Нужно особое приложение в Galaxy </h4>
<p> Для начала найдите его в <a target="_top" href="https://toolshed.g2.bx.psu.edu">Tool Shed</a> . Или найдите кнопку options -> see Tool Shed в самом приложении.</p>
<h4> Как загрузить/скачать файлы на сервер? </h4>
<p> В Linux используйте команду <code>scp file user@cl.mcb.nsc.ru:~/</code> , в Windows <code>pscp file user@cl.mcb.nsc.ru:~/</code> из проекта PuTTY или графическую WinSCP. В принципе, можно использовать любую другую программу с поддержкой SFTP:// MidnightCommander, DoubleCommander, TotalCommander или FAR, например.</p>
<h4> Можно ли запустить графическое приложение на сервере? </h4>
<p> Можно: <code> ssh -X user@cl.mcb.nsc.ru </code>, если у вас рабочая система Linux и <a target="_top" href="https://www.google.ru/search?q=putty+xserver"> гугл </a> c <a target="_top" href="http://superuser.com/questions/299158/how-to-make-putty-do-the-equivalent-of-ssh-x">superuser</a>, если винда (ещё документация от PuTTY помогает). Но, лучше этого не делать, если пропадет соединение программу вы уже не увидите. </p>
<h4> Хочу браузер! </h4>
<p> Если нужно что то скачать то вы хотите <code> wget 'ссылка' </code>. <code> lynx </code> - консольный <code> chromium </code> - графический. </p>