Contents

  1. Ресурсы:
    1. Веб интерфейсы:
    2. Инструменты для SSH доступа:
    3. Список рассылки:
  2. Anaconda:
    1. Shared Anaconda:
  3. Jupуter notebook:
  4. R Shiny:
  5. Docker & Singularity:
    1. Пример:
  6. FAQ:

Доступ к ресурсам за по логину (без постфикса @mcb.nsc.ru) и паролю от почты института

Ресурсы:

Веб интерфейсы:

Инструменты для SSH доступа:

Список рассылки:

Сообщения о перезагрузке сервера отправляются на рассылку bioinformatics@lists.mcb.nsc.ru чтобы подписаться отправьте сообщение с темой "SUBSCRIBE bioinformatics" на sympa@lists.mcb.nsc.ru или зайдите сюда

Anaconda:

На сервере установлена анаконда, так что большинство программ вы можете установить локально. В большинстве случаев начало работы с кондой должно начинаться с создания локального окружения (environment)

  1. Создаем свое окружение (каждый раз когда вызываете эту команду создается новое окружение!): 
    > conda create -n my_env
    В дальнейшем при начале работы просто входим в свое окружение: 
    > conda activate my_env
  2. После этого можно найти и установить нужную вам программу 
    > conda search program
> conda install program

Также программы можно искать через веб интерфейс. По умолчанию к анаконде уже подключены каналы bioconda и forge.

Shared Anaconda:

Также можно создать общее для группы окружение. Например, где lg - имя группы: 

> conda create -p /data/lg/envs/lg_env

Теперь окружение lg_env доступно для всех.

Главное не забывайте ставить префикс для директории, так как данные окружения видны всем.

Jupуter notebook:

Jupyter установленный на сервере поддерживает ядра (kernels) из локальных окружений конды, для чего их естественно нужно установить в это окружение: 

> conda activate my_env
> conda install ipykernel r-irkernel

И перезапустить Jupyter (Верхняя кнопочка "Control panel").

R Shiny:

Docker & Singularity:

Нет вы не можете поставить образ из докера на наш сервер.

Даже если очень хочется.

Нельзя.

Но в принципе можно:

  1. Первое, что нужно сделать увидев слово docker посмотреть есть ли другие способы это установить, рекомендую ставить через conda.

  2. Второе, если вы точно уверены, что другого способа нет, ищите слово singularity в описании к проекту и читаете здесь как это установить.

  3. Третье, лучше бростье эту затею, почти наверняка эта штука запакована так, что работать не будет. Но, если вам делать нечего singularity может работать с docker.

Пример:

У вас есть https://hub.docker.com/r/urgi/docker_vre_aio который еще и порт 22 создает.

Держим в голове, что вы обычный пользователь и не можете порты короче четырех символов и создаем инстанс по имени vre c маппингом портов 

> singularity instance start --fakeroot --net  --network-args "portmap=2222:22/tcp"  docker://urgi/docker_vre_aio vre

Смотрим, что получилось: 

> singularity instance list
INSTANCE NAME    PID      IP              IMAGE
vre             7074     10.23.0.2       /tmp/rootfs-105523694

Ok у нас есть локальный ip 10.23.0.2 с портом 2222, который доступен на сервере

Если хотите увидеть этот порт на своем компьютере, то сделайте проброс портов с помощью ssh. Как-то так: 

> ssh -L 1111:10.23.0.2:2222 fedor@cl.mcb.nsc.ru

Теперь пока сеанс работает у вас на машине есть порт 1111, ну или какой вы там назначили, котоый связан с 10.23.0.2:2222 на сервере

Ещё раз лучше пользуйтесь кондой или родными пакетами singularity и RTFM.

FAQ:

IMCBWiki: FrontPage (last edited 2020-03-16 23:48:13 by fedor)