______            ____     ____                           
      /\__  _\   /'\_/`\/\  _`\  /\  _`\                         
      \/_/\ \/  /\      \ \ \/\_\\ \ \L\ \                       
         \ \ \  \ \ \__\ \ \ \/_/_\ \  _ <'                      
          \_\ \__\ \ \_/\ \ \ \L\ \\ \ \L\ \                     
          /\_____\\ \_\\ \_\ \____/ \ \____/                     
          \/_____/ \/_/ \/_/\/___/   \/___/                      
                                                                 
                                                                 
    ____    ___                     __                           
   /\  _`\ /\_ \                   /\ \__                        
   \ \ \/\_\//\ \    __  __    ____\ \ ,_\    __   _ __          
    \ \ \/_/_\ \ \  /\ \/\ \  /',__\\ \ \/  /'__`\/\`'__\        
     \ \ \L\ \\_\ \_\ \ \_\ \/\__, `\\ \ \_/\  __/\ \ \/         
      \ \____//\____\\ \____/\/\____/ \ \__\ \____\\ \_\         
       \/___/ \/____/ \/___/  \/___/   \/__/\/____/ \/_/         
                                                                 
    

Доступ к ресурсам за по логину (без постфикса @mcb.nsc.ru) и паролю от почты института.

Ресурсы:

Инструменты для SSH доступа:

Anaconda:

На сервере установлена анаконда, так что большинство программ вы можете установить локально.

В большинстве случаев начало работы с кондой должно начинаться с создания локального окружения (environment)

Создаем свое окружение (каждый раз когда вызываете эту команду создается новое окружение!):

conda create -n my_env

В дальнейшем при начале работы просто входим в свое окружение:

conda activate my_env

Собственно после этого можно найти и установить нужную вам программу:

conda search program

conda install program

Также программы можно искать через веб интерфейс.

По умолчанию к анаконде уже подключены каналы bioconda и forge.

Shared Anaconda:

Также можно создать общее для группы окружение. Например, где lg - имя группы:

conda create -p /data/lg/envs/lg_env

Теперь окружение lg_env доступно для всех.

Главное не забывайте ставить префикс для директории, так как данные окружения видны всем.

Jupуter notebook:

Jupyter установленный на сервере поддерживает ядра (kernels) из локальных окружений конды, для чего их естественно нужно установить в это окружение:

conda activate my_env

conda install ipykernel r-irkernel

И перезапустить Jupyter (Верхняя кнопочка "Control panel").

R Shiny:

Сервер пиложений для программ написанных на R

Все приложения в директории ~/ShinyApps будут запускаться от вашего имени

Например: мой логин fedor. Я в своей директории создал приложение hello:

/home/fedor@mcb.nsc.ru/ShinyApps/hello/

Теперь оно доступно по ссылке https://cl.mcb.nsc.ru/shiny/fedor/hello/

Так же в ShinyApps можно создать index.html который будет отображаться как стартовая страница.

FAQ:

Как скачать/найти результат работы Galaxy на сервере?

Щелкнуть на результате, выбрать view details. Тип файла указан в строке Format, адрес в Full Path.

Нужно особое приложение в Galaxy

Для начала найдите его в Tool Shed . Или найдите кнопку options -> see Tool Shed в самом приложении.

Как загрузить/скачать файлы на сервер?

В Linux используйте команду scp file user@cl.mcb.nsc.ru:~/ , в Windows pscp file user@cl.mcb.nsc.ru:~/ из проекта PuTTY или графическую WinSCP. В принципе, можно использовать любую другую программу с поддержкой SFTP:// MidnightCommander, DoubleCommander, TotalCommander или FAR, например.

Можно ли запустить графическое приложение на сервере?

Можно: ssh -X user@cl.mcb.nsc.ru , если у вас рабочая система Linux и гугл c superuser, если винда (ещё документация от PuTTY помогает). Но, лучше этого не делать, если пропадет соединение программу вы уже не увидите.

Хочу браузер!

Если нужно что то скачать то вы хотите wget 'ссылка' . lynx - консольный chromium - графический.